在日本，由于城镇化程度高且人口密集，学生们上学主要依靠的是公共交通工具，校车的使用并不普遍。最主要利用者，是距离公交车站较远的私立学校、地广人稀或山路居多的乡村地区的公立学校，以及接受残障学生的特殊学校等。除了特殊学校的校车会加装方便残障人士乘坐的设备之外，日本的校车与普通巴士基本没有区别。

　　在东京，经常可以看到颜色鲜艳、车体上印着各种卡通图案的面包车或中巴车缓慢地行驶在街头巷尾，这些幼儿园的校车常以这类装饰来吸引小朋友的喜爱和引起过往车辆和行人的注意。在日本一般只有私立幼儿园才有校车，家长为了节省接送孩子上学的时间，大多倾向于让自己的孩子乘坐校车。因此日本的幼儿园校车座位经常处于供不应求的状态。但校方严格遵守法律规定的核载人数，绝对不会让校车多坐一个孩子。所以在日本，进幼儿园需要排队，入园后坐校车仍然需要排队。

　　日本的校车运行方式大致可分为学校运营型、地方政府运营型、专用巴士委托型、专用巴士包车型和时段包车型等五种：

　　(1) 学校运营型：由学校自己购买车辆并聘用司机，其中公立学校购车时除了会获得教育经费补贴外，还会得到地方财政以及彩票收入的支持，而私立学校购车时也可以得到部分国家补贴，日常运行费用则主要来源于学生的乘车费或学校自己的预算。日本幼儿园的校车大多采用学校运营的方式。

　　(2)地方政府运营型：是指在一些人口稀少的地区，地方政府购买车辆并聘用司机或者直接让工作人员担任司机的方式。地方政府在购买校车时，教育部将承担大部分费用。由于偏远地区的学生上学确实存在不便，因此这种校车的运行费用也主要靠中央或地方政府的财政补贴而不需要利用者承担。

　　(3) 专用巴士委托型：是指由学校或地方政府购买校车，然后委托给专业的民间业者负责运行的方式。由于此举可以省去学校或地方政府的运行成本，目前在日本国内日渐普及。

　　(4) 专用巴士包车型：是指学校直接向大巴公司包一辆校车并在车体上印上该校的名称，校车的购买和运行全部由大巴公司负责，校方只需提出运行路线即可。不过，如果大巴公司运行这一校车出现亏损，校方或地方政府必须予以补偿。

　　(5) 时段包车型：是指学校在每天上下学的时间段向大巴公司包一辆普通巴士作为校车使用，这种没有印上学校名称的巴士已经算不上严格意义上的校车。